Les Idéologues sont un groupe d'intellectuels de premier plan partageant des principes communs, ceux de la philosophie des Lumières dont ils sont les héritiers. Ils sont républicains, anticléricaux car résolument hostiles à tout ce qu'ils considérent comme des préjugés ou de la superstition – donc à l'Eglise – partisans des droits de l'homme, de la liberté d'expression et de celle de la presse.
Ils ne forment pas à proprement parler un parti mais un collectif informel, bénéficiant d'appuis dans les salons et à l'Institut, spécialement dans la classe des Sciences Morales et Politiques. Il disposent d'une revue, la Décade philosophique, fondée par plusieurs d'entre eux en 1794 et dirigée par l'économiste libéral Jean-Baptiste Say jusqu'à son entrée au Tribunat. Beaucoup sont en outre francs-maçons.
Les cinq principales personalités du groupe sont :
- Antoine Destutt de Tracy, maître à penser du groupe, membre de l'Institut et sénateur ;
- Pierre-Jean-Georges Cabanis, membre de l'Institut et sénateur ;
- Pierre Daunou, membre de l'Institut, premier président du Tribunat. Il a refusé d'entrer au Conseil d'Etat ;
- Volney (Constantin-François Chassebœuf de La Giraudais, comte Volney, dit -), membre de l'Institut, sénateur. Il connaît Bonaparte depuis 1792 ;
- Marie-Joseph Chénier, tribun.
Napoléon Bonaparte, lui-même membre de l'Institut, a longtemps été considéré comme l'un des leurs, ce qui explique le soutien que les Idéologues apportent à son coup d'Etat le 18 brumaire. En conséquence, on les retrouve en nombre dans les assemblées, principalement au Tribunat. Mais les relations se tendent vite entre le Premier consul, pragmatique à tendances autoritaires, et ces hommes à principes, qui défendent les prérogatives du pouvoir législatif.
L'installation du Tribunat au Palais-Royal une idole de quinze jours
. Déjà, Stanislas de Girardin, tribun et ami de la famille Bonaparte, se sent tenu d'affirmer en séance que le Tribunat n'est pas un lieu d'opposition.
La véritable épreuve de force s'engage avec le dépôt devant le Tribunat du projet de loi concernant l'organisation du travail parlementaire. Bonaparte veut que le règlement intérieur du Tribunat organise minutieusement les débats. Son but est d'en limiter la durée et de ne pas voir renaître les factions qui ont gangrené les assemblées révolutionnaires. Pour les Idéologues, au contraire, ce projet n'est conforme ni à la lettre ni à l'esprit de la Constitution tels qu'ils les conçoivent. En transformant le Tribunat en une chambre d'enregistrement, il attente à la liberté d'expression et à l'indépendance de l'assemblée. Leur opposition est totale.
Malgré le renfort de Benjamin Constant, qui n'appartient pas au groupe des Idéologues même s'il en est proche et qui fait son entrée sur la scène politique à cette occasion, le projet de règlement est approuvé par 54 voix contre 26.
Après l'attentat de la rue Saint-Nicaise, d'abord attribué aux jacobins, Bonaparte organise une vaste répression à l'encontre de l'extrême-gauche parisienne. Sur une première liste de cent trente jacobins répertoriés, soixante-dix sont déportés, cinquante-deux assignés à résidence ; peu après, deux-cent vingt-trois nouveaux suspects sont arrêtés. Pourtant, lorsque l'enquête mené par Joseph Fouché les innocente, les jacobins proscrits le restent. Au sein du Tribunat, l'arbitraire de ces mesures choque les Idéologues et renforce leur opposition.
Ils la manifestent face à un projet de loi créant des tribunaux criminels spéciaux. Si le but du texte est de s'attaquer au brigandage, nombre d'articles de la loi leur paraissent menaçant pour les libertés individuelles : les jurys sont supprimés, cinq des huit juges qui les remplacent sont choisis par le gouvernement, il n'y a plus d'appel.
Benjamin Constant, Pierre Daunou, Marie-Joseph Chénier et Pierre-Louis Ginguené se relaient à la tribune pour rejetter en bloc le texte. Ils ne souhaitent pas refuser au gouvernement les moyens de gouverner mais veulent éviter qu'il n'outrepasse les limites du droit. Pour la première fois, au cours d'un débat qui ne mobilise pas moins de trente-huit orateurs, favorables ou non au projet, ce qui témoigne de son importance, les Idéologues vont dénoncer le viol de la Constitution.
Le débat s'engage le 25 janvier 1801. Constant reproche au projet d'être inconstitutionnel, obscur et menaçant. Daunou le présente comme un nouveau code révolutionnaire, digne des Montagnards. Il va plus loin. Pour lui, si l'on vote un texte inconstitutionnel, d'autres suivront. Quant à la nécessité d'une loi d'exception, invoquée par le gouvernement, il répond que toutes les tyrannies ont toujours eu recours à ce prétexte pour porter atteinte aux libertés. Il rappelle en outre combien l'abandon des formes habituelles de la justice a fait de victimes durant la révolution. Chénier insiste sur ce point et dénonce les compétences trop étendues de ces tribunaux spéciaux. Ginguené, enfin, accuse comme Daunou le projet d'être empreint de tous les signes révolutionnaires
alors que le gouvernement vient de proclamer que la Révolution est finie.
Le projet est cependant approuvé, par 49 voix contre 41 au Tribunat et 192 contre 88 au Corps Législatif. Bien que toujours minoritaire, l'opposition réalise toutefois son meilleur score depuis un an, bien au-delà de la trentaine de voix qu'elle réunit habituellement au Tribunat.
Malgré son succès final, Bonaparte réagit avec une colère non dissimulée aux critiques des Idéologues. Il ne voit plus en eux que des métaphysiciens, des phraseurs et des idéologues (terme dépréciatif issu de la plume de François-René de Chateaubriand), opposés par principe à l'autorité. La rupture définitive entre ces intellectuels progressistes et lui est proche. Le Concordat en sera l'occasion.
Les premiers jalons d'un rapprochement avec l'Eglise Catholique sont posés après la bataille de Marengo, dont le retentissement est considérable et les résultats, selon Jean-Jacques de Cambacérès, au delà de toutes les espérances. Les négociations avec Rome durent ensuite huit mois. Reste à faire accepter leurs résultats par les assemblées.
Mais tandis que Bonaparte prépare la ratification, l'opposition républicaine, de son côté, s'organise pour lui faire échec. C'est que plusieurs décisions gouvernementales ont encore accru son irritation : création, en août 1801, d'une direction des cultes, et surtout nomination à sa tête de Jean-Etienne-Marie Portalis, ancien royaliste ; interdiction des réunions théophilanthropiques dans les édifices nationaux, proclamée le 4 octobre (12 vendémiaire an X).
Les républicains prennent l'offensive à l'ouverture de la session parlementaire, le 22 novembre, en s'opposant à tous les projets gouvernementaux, aussi bien au Tribunat (traités avec la Russie, avec Naples et avec les Etats-Unis d'Amérique) que devant le Corps Législatif (titre 1er du Code Civil) où ils parviennent en outre à faire élire pour président un homme uniquement connu pour son anticléricalisme. Enfin, les deux assemblées présentent au poste de Sénateur deux candidats très hostiles à Rome, Daunou et l'abbé Grégoire.
Ce dernier est coopté par le Sénat contre le candidat des Consuls. Daunou est sur le point de l'être quand Bonaparte indique qu'il verrait dans ce choix une insulte personnelle. L'opposition du Tribunat au traité avec la Russie ne l'a pas seulement rendu furieux mais a totalement déconsidéré cette assemblée à ses yeux. Il faut être chien, s'écrie-t-il, pour risquer pour un mot
(le terme de sujets utilisé dans le traité pour désigner les français comme les Russes) de recommencer la guerre.
. Il n'a plus désormais que mépris pour le Tribunat.
Bonaparte décide d'éliminer l'opposition républicaine. Mais il entend que l'opération s'effectue sans coup de force car il ne veut pas que les Idéologues puissent un jour se présenter en martyrs, eux qui ont pour leur part toujours respecté les formes légales. C'est du subtil esprit juridique de Cambacérès que vient la solution. Si la Constitution, fait-il remarquer, prévoit pour cette année là (an X) le renouvellement d'un cinquième du Tribunat, elle ne précise en rien la façon d'y procéder... Il est donc demandé au Sénat de changer ses habitudes et de ne plus avoir recours à un tirage au sort mais à une désignation nominale... des restants. Par 144 voix contre 15 (l'abbé Grégoire, Cabanis, Destutt de Tracy...) le Sénat accepte cette nouvelle façon de faire.
Daunou, Chénier, Ginguené, Andrieux, Laromiguière, Chazal, Constant et leurs amis sont exclus du Tribunat et du Corps Législatif. Tous les nouveaux élus sont favorables au gouvernement, à commencer par Lucien Bonaparte qui est rappelé de son ambassade à Madrid et envoyé siéger au Tribunat afin d'arracher à cette assemblée ses dernières griffes. Il l'amène à se doter d'un nouveau règlement parfaitement conforme aux vues de son frère. Le Tribunat est désormais découpé en sections qui siègent séparément, à huis clos, et non plus en permanence mais une fois par décade seulement (1er avril 1802). Le Tribunat a perdu toute importance.
Une semaine plus tard, il approuve le concordat.