Edme-Joachim Bourdois de La Motte naît le 14 septembre 1754, à Joigny, dans l'Yonne. Son père est médecin et membre correspondant de la Société royale. Vicq-d'Azyr, fondateur de l'anatomie comparée et médecin de Marie-Antoinette, lui a rendu un hommage public.
Ayant achevé ses études au Collège d'Auxerre, Bourdois, une fois obtenue sa maîtrise des arts, vient faire ses études de médecine à Paris. Au cours de celles-ci, il partage avec Jean-Nicolas Corvisart l'étroite mansarde où ils sont logés. Les deux hommes deviennent amis1.
Le 11 février 1777, Bourdois soutient sa première thèse et le 6 mars suivant, la seconde, la "cardinale", sur une question d'hygiène. Il prouve que rester trop longtemps au contact de la chaleur au cours de la période hivernale est nocif. Il soutient ensuite les deux dernières sur des sujets de pratique médicale pure. En 1778, à l'âge de 24 ans, il est docteur en médecine2.
Il entame, malgré des accès répétés d'hémoptysie, une carrière de médecin à l'hôpital de la Charité et de médecin des pauvres à la paroisse de Saint-Sulpice et à celle du Gros Caillou03.
En 1779, il devient médecin du comte de Provence, le futur Louis XVIII, et est rapidement nommé médecin du palais du Luxembourg, et du château de Brunoy, ainsi qu'intendant du cabinet de physique et d'histoire naturelle, poste créé spécialement à son intention. Il est nommé docteur régent de la faculté de médecine. Il a ses appartements au palais du Luxembourg. En 1788, il est fait premier médecin de Madame Victoire04.
En 1793, Edme, déclaré suspect, est arrêté, puis mis en prison. Grâce aux démarches incessantes de sa femme et à l'intervention d'Antoine Dubois, chirurgien membre du conseil des armées et professeur à l'école de médecine, il retrouve la liberté.
Après la chute de Robespierre, Bourdois monte en grade. Il est informé par Dubois qu'une expédition française se prépare pour reconquérir la Corse, avec René-Nicolas Dufriche Desgenettes à la tête des services médicaux. Le poste de médecin en chef de l'armée des Alpes est donc vacant. Bourdois le récupère le 7 septembre 1794 et s'occupe plus particulièrement de son aile droite05. Dépité, Bourdois est confronté à une réalité catastrophique : « Le petit nombre de nos anciens établissements dans cette division, la grande quantité de malades qui y ont afflué en même temps, l'impossibilité absolue d'évacuer par terre, à cause des mauvais chemins, et par mer, faute de bâtiments, ont produit un engorgement considérable dont les suites eussent été nécessairement funestes si l'on ne se fût hâté d'en prévenir les effets. Depuis le 1er vendémiaire jusqu'au 1er ventôse, il est entré dans les hospices de l'armée 54 000 malades, et 5 300 y sont morts. De ce calcul, il résulte que, depuis quatre mois, le tiers de l'armée a été disséminée dans les hôpitaux, et que la mortalité pourra être évaluée au dixième des malades06. » Devant affronter une épidémie de typhus, Edme Joachim prend des mesures d'urgence. Il fait transporter les malades dans des tentes dressées en plein air. Il fait nettoyer, laver, ventiler les locaux des casernes et former une équipe d'ambulanciers. Il se distingue par une abnégation infatigable. Il met en place des hôpitaux espacés de trois lieues et réquisitionne les couvents et hôpitaux où les malades atteints de la maladie sont soignés nuit et jour. Un mois après, l'épidémie est enrayée. Le moral des hommes est revenu au beau fixe.
A son tour malade, Bourdois, dès son retour à Paris, est menacé d'arrestation par le Directoire. Il est sauvé de justesse par Talleyrand07.
A cette époque, il est présenté au général Bonaparte. Les deux hommes deviennent de grands amis. Lors de leurs promenades dans la campagne, Bonaparte emmène régulièrement le médecin dans un certain vallon. Un jour, interloqué, le médecin lui demande pourquoi toujours le même endroit. Le général, dit-on, s'arrête près d'un torrent pour confier à Bourdois : « C'est ici que César a franchi le Rubicon ! »
Le 13 octobre 1795, Bourdois est licencié après avoir donné sa démission pour raison de santé de son poste de médecin en chef de l'armée des côtes de Cherbourg. Le 26 octobre 1795, Bonaparte lui demande de prendre la fonction de médecin en chef de l'armée de l'Intérieur. Les rapports entre les deux hommes sont à leur apogée. Bourdois cesse ses fonctions de médecin en chef de la 17ème division militaire de Paris, le 5 décembre 1796. Au lendemain du 13 vendémiaire, Bonaparte, inquiet, fait quérir des nouvelles du médecin.
Les relations entre les deux amis se dégradent lorsque Bourdois décline l'invitation d'accompagner Bonaparte dans son expédition en Italie. Le général, se retournant vers Bourdois, lui aurait dit brusquement : « Vous êtes des nôtres, j'espère ! » Voyant que son ami, pris de court, hésite, Bonaparte, extrêmement susceptible, rétorque simplement : « N'en parlons plus ! », mais les liens entre les deux hommes sont désormais distendus. Si Bourdois ne veut pas quitter Paris, c'est à cause de sa profession et, surtout, de sa femme souffrante à qui il doit tout. De retour d'Italie, puis d'Égypte, le général ne voudra plus revoir le médecin pendant près de quinze années08.
En 1805, le préfet de la Seine, Frochot, nomme Bourdois au rang de médecin en chef des épidémies pour le département de la Seine. Sa mission est d'enrayer les épidémies qui font des ravages dans la capitale et dans ses alentours.
En 1806, Bourdois, sur ordre du gouvernement, prend en charge une épidémie qui vient de se déclarer à Lay, près de Sceaux. Il constate que la maladie déclarée est rencontrée principalement chez les ouvriers qui travaillent les métaux, chez les peintres, chez les ouvriers potiers qui exploitent la céruse et chez les femmes qui mettent du blanc, un cosmétique à base de céruse. Associé à des mesures de prévention élémentaires, Bourdois de la Mothe décide de recourir au traitement recommandé en pareilles circonstances, en Angleterre09.
Il est nommé inspecteur général de l'Université de France en 1809, puis conseiller de l'Université en 1811. La même année, sur l'injonction de Corvisart qui l'a plébiscité, Napoléon lui confie la charge de premier médecin du roi de Rome10. « Sire, aurait dit Corvisart à l'Empereur, sacrifiez vos répugnances à l'intérêt de votre fils ; c'est à Bourdois qu'il faut confier une tête si précieuse ! ». Au palais des Tuileries, dans la même journée, le médecin s'entend dire par l'Empereur : « Vous êtes le médecin de mon fils ! Je ne puis vous donner une plus grande marque de confiance ; oubliez le passé comme je l'oublie moi-même ! »
Le 29 décembre 1811, Bourdois est nommé chevalier de la Légion d'honneur. Le 27 février 1812, il est fait chevalier de l'Empire, puis baron. Sa modestie naturelle se refuse à porter cette dernière distinction. Il devient médecin au collège des princes et médecin consultant de l'Empereur11.
Alors qu'il est dévoué au fils impérial et lui prodigue les soins les plus attentionnés, Corvisart l'humilie un jour en remettant en cause son travail et en contrôlant sa validité. Bourdois accuse le coup, mais digne, ne dit rien. Dix ans plus tard, Corvisart est mourant. Il fait mander Bourdois à son lit de chevet et lui présente des excuses que Bourdois accepte12.
Lorsque l'Empire s'effondre, Bourdois suit l'impératrice Marie-Louise et son fils jusqu'à Blois. Il ne se résout pas à quitter son pays. Sous la Restauration, il revient à Paris et poursuit son exercice libéral. Il bénéficie d'une patientèle huppée. Il devient aussi médecin du département des Affaires étrangères en charge de la marine et des colonies. Louis XVIII le fait nommer son premier médecin. Par la suite, Charles X en fait tout autant13.
Pourquoi cette longévité ? Pourquoi une telle présence dans la médecine royale ? Il s'en explique par ces mots simples : « Je suis loin de revendiquer le premier rang dans cet art honorable de la médecine, mais j'ai la prétention de l'exercer avec cette pureté d'intention, cet amour de l'humanité, j'oserai dire plus, ce désintéressement qui seuls peuvent rendre utiles aux hommes les lumières parfois étonnantes que l'on rencontre dans quelques médecins. Mon objet est d'être utile, mon devoir est de soulager les malheureux, ma gloire et ma récompense seront dans l'estime des gens de bien14. »
Fort de ses différents travaux, Bourdois est admis dans toutes les grandes sociétés scientifiques de son temps. En 1806, il est associé ordinaire résidant de la Société de médecine de Paris puis président d'honneur de la Société de médecine, adressant à ce titre à l'Empereur « les voeux et le respect des médecins de Paris dans un discours qu'il a daigné écouter avec indulgence et bonté ».
Il est admis l'un des premiers à l'Académie royale de médecine créée en 1820. Il en est le président en 1822, 1823 et 1829.
Bourdois meurt le 7 décembre 1835. Il a 81 ans15.